一、污染物质以及其他危害人体健康物质的限量指标
主要有致病性微生物、农药残留、兽药残留、生物毒素、重金属等污染物质等其他危害人体健康的物质。
致病性微生物包括细菌、病毒、真菌等；
生物毒素，又称天然毒素，是指生物来源并不可自我复制的有毒化学物，包括动物、植物、微生物产生的对其他生物有毒害作用的各种化学物质，如黄曲霉毒素、真菌霉素等。
重金属一般是指密度在4.5g/cm3以上的金属，如铜、铅、锌、铁、钴、镍、锰、镉、汞、钨、钼、金、银等，可见于食品安全国家标准GB 2762-2017 《食品中污染物限量》。需要注意的是现在推出了GB 2762-2022，自2023年6月30日实施。
二、食品添加剂的用量指标
主要规定有：《食品添加剂使用标准》（GB2760-2014），以及《食品添加剂――硬脂酸钾》（GB31623-2014）、《食品添加剂――天门冬氨酸钙》（GB 29226-2012）等食品安全国家标准，其中对食品添加剂的品种、使用范围、用量进行规范。
这里依然要注意：假如该添加剂是禁止在某种食品上使用的，却被检出，那就不是食品安全指标的问题了，而是食品安全问题，直接使用《食品安全法》处理。
三、特定人群的主辅食品的营养成分指标
这条容易引起的误解主要是把营养成分放到了第一位。本条特指的是特定人群，比如在即将实施的GB10767-2021《食品安全国家标准 幼儿配方食品》中，对蛋白质、脂肪和碳水化合物指标、维生素等营养成分含量做出规定，说明这些指标是食品安全指标。
但并不是所有食品的营养成分都属于食品安全指标，对关于腐竹的争论中，有人提出：腐竹标明执行的是推荐性标准，蛋白质含量达不到，就有可能危害人体健康，这其实是一种误解，因为腐竹不是供特定人群食用的食品，且在食品安全标准中未做规定，因而不是食品安全指标。
四、与食品安全有关的其他指标。
一是与微生物控制和食品腐败变质等安全指标密切相关，如水分、杂质、酸价等；
二是体现食品应当有的营养要求指标，例如生乳的蛋白质含量、婴幼儿配方食品中各类营养物质含量等；
三是产品特征性指标，例如天然矿泉水中的矿物质含量等。
还有一些其他食品安全国家标准载明的指标要求等。
实际中很容易误解的地方是食品安全国家标准中对与卫生、营养等食品安全要求有关的标签、标志、说明书的要求，如前文所举例中的食品添加剂阿斯巴甜，要注意的是，这是“要求”，不是“指标”。
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