在影响食品安全的三大类危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的细菌、病毒和寄生虫。食品中的生物危害既有可能来自于原料，也有可能来自于食品的加工过程。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和原生动物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌产生有害的毒素，毒素属化学危害），只有细菌、病毒和原生动物能引起食品的生物危害，使食品不安全。化学危害有三类。一类是天然的化学物质，如霉菌毒素、组胺、鱼肉毒素和贝类毒素等，它们主要存在于植物、动物和微生物中。二是有意添加的化学药品--食品添加剂，如防腐剂、营养添加剂和色素添加剂等。第三类化学危害是无意地或偶然加入的化合物。如农用杀虫剂、除草剂、抗菌素和生长激素等的残留、有毒元素超标、消毒剂和清洁剂等污染食品都有可能造成化学危害。化学污染可以发生在食品生产和加工的任何阶段。要消除这种危害，必须从种养殖的源头抓起，否则，危害一但进入食品，就很难再将其消除。物理的危害包括任何在食品中发现的不正常的潜在的有害的外来物，如玻璃、金属等，这类危害是最常见的消费者投诉的问题。

对影响食品安全的任何危害，在HACCP计划中都要采取相应措施，将其消除或降低到可接受水平。由于危害的种类很多，且危害的种类是随时随地不断发展变化的，食品加工者应通过各种媒体，获得食品潜在危害的有关知识，以确保食品安全。