食品企业在执行HACCP食品安全管理体系系统时，必须要进行HACCP体系的验证，在HACCP验证过程中，对于微生物的危害分析，企业必须利用自己的实验室进行必须的验证，同时相关关键控制点的验证也必须借助于微生物检测的结果进行分析与评估。微生物检测在HACCP体系运行过程中的应用主要有：原辅材料微生物检测。HACCP在生产过程运行时的微生物检测，成品出厂微生物检测，实施追溯和召回时实施的微生物检测。可以微生物检测技术是实施HACCP食品安全管理体系的一个有力的、必不可少的工具。体系验证及风险评估时需要利用微生物检测技术，危害程度评估时需要利用微生物检测技术，清洗消毒效果验证时需要利用微生物检测技术。？通过微生物检测的数据，可以有效地分析当生产不能得到有效控制或预防措施未能有效降低细菌水平的时候，公司能够识别危害及危害的根源。从而更好地预防食品危害的发生，而单纯的最终产品测试效果就差得多了。例如，对于生肉和家禽的细菌含量水平，就没有充分的数据用来判断什么情况是可接受"的。因而，最终产品测试结果不能提供有用的数据，更不用说趋势分析，除了能证明当时的细菌的含量之外，它不能解决、识别并消除食品污染问题。