终审合格后，中国绿色食品发展中心将书面通知企业前往中心办理领证手续。三个月内未前往中心办理手续者，视为自动放弃。
领取绿色食品标志使用证书时，需同时办理如下手续：1、交纳标志服务费，原则上每个产品1万元（系列产品优惠）；2、送审产品使用绿色食品标志的包装设计样图；3、如不是法人代表本人来办理，需出示法人代表的委托书；4、订制绿色食品标志防伪标签；5、与中心签定《绿色食品标志许可使用合同》。中国绿色食品发展中心将对履行了上述手续的产品实行统一编号，并颁发绿色食品使用证书，证书的有效期为三年（绿色食品使用证书样式见绿色食品标志申报文档）。编号形式如下：