在纯化水微生物限度检查薄膜过滤法中，选择合适的滤膜是实验成功的关键之一。选择滤膜时，需要考虑以下因素：

1. 滤膜的材质：根据需要过滤的样品和流动相的化学性质，选择合适的材质。例如，有机系滤膜适用于有机相或有机相溶液的过滤，水系滤膜只能过滤水溶液，不能过滤有机相溶液。

2. 滤膜的孔径：根据需要截留的微生物大小，选择合适孔径的滤膜。一般来说，孔径越小，能够截留的微生物越小，因此需要根据具体实验需求选择。

3. 滤膜的直径：常用的微孔滤膜一般是圆片滤膜，需要根据实验需求选择合适的直径。例如，25mm圆片微孔滤膜可以配合针头滤器连接注射器使用，47mm圆片微孔滤膜可以使用换膜滤器、布氏漏斗、压力容器等配合真空泵、压力泵使用。

4. 滤膜的化学相容性：需要考虑滤膜是否耐酸、碱、有机溶剂等化学物质，以避免滤膜被溶解或产生化学反应导致实验失败。

5. 滤膜的物理强度：需要选择物理强度较高的滤膜，以确保在过滤过程中不会破裂或破损

综上所述，选择合适的滤膜需要考虑多个因素，包括材质、孔径、直径、化学相容性和物理强度等。需要根据具体的实验需求和样品性质进行选择，以确保实验的准确性和可靠性。