由于衣原体主要寄生在宫颈或尿道柱状上皮细胞内，因此取样时应尽可能行到更多的柱状上皮细胞，而不黏液和脓血。女性宫颈取样：操作人员应先用棉签或棉球将宫颈口黏液和脓血擦去后扔掉，再用取样拭子插入宫颈管内并通过鳞柱状上皮交界处，直到拭子头看不见为止。旋转拭子15-20秒钟取出，注意不要有碰到宫颈外及阴道壁。男性尿道取样：必须使用专用男用拭子，否则可能造成伤害；取样前至少一小时应无排尿，排尿将会降低阳性率；取样时应先用棉签或棉球将尿道口黏液和脓血擦去后扔掉，再用男用拭子插入尿道内2-4cm，旋转拭子3-5秒钟后取出。取尿道口黏液或脓血的拭子不可用本试剂盒检测。

取样后拭子上如事有黏液、血液等分泌物会明显影响检测准确性。

检测时如果取两份样品，检测结果有可能会不一致。因为取第一份样品时也许已经带走取样部位大部分被感染的细胞，如果在同样的部位取第二根拭子，其结果必然会因感染细胞减少而降低阳性率。另外，不同部位取样也可能存在差异。