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流动相不抽滤超声
因为尘埃或其它任何杂质微粒都会磨损柱塞、密封环、缸体和单向阀，因此应预先除去流动相中的任何固体微粒。流动相最好在玻璃容器内抽滤，可采用水系滤膜（0.22μm或0.45μm）等滤器，然后超声15min以上去除液体当中的微小气泡。泵的入口都应连接砂滤棒（或片），输液泵的滤器应经常清洗或更换。
仪器运行之前没有排气泡
液相最害怕进入气泡，不仅影响泵的正常运转，进入色谱柱后，还会影响流动相的流速和流量，引起基线的起伏不稳定。因此液体进入储液瓶之前得排气泡，上机之后也得排气泡才能正常运行进入色谱柱。
使用后没有及时清洗泵
流动相不应含有任何腐蚀性物质，含有缓冲液的流动相不应保留在泵内，尤其是在停泵过夜或更长时间的情况下。如果将含缓冲液的流动相留在泵内，由于蒸发或泄漏，甚至只是由于溶液的静置，就可能析出盐的微细晶体，这些晶体将和上述固体微粒一样损坏密封环和柱塞等。因此，必须泵入纯水将泵充分清洗后，再换成适合于色谱柱保存和有利于泵维护的溶剂（对于反相键合硅胶固定相，可以是甲醇或甲醇-水）。
流动相走空
