选择热杀菌方法和条件时应遵循下列基本原则：
（一）应达到相应的热处理目的
1、 以加工为主：
热处理后食品应满足热加工的要求。
2、 以保藏为主要目的：
热处理后的食品应达到相应的杀菌、钝化酶等目的。
（二）应尽量减少热处理造成的食品营养成分的破坏和损失
热处理过程要重视热能在食品中的传递特征与实际效果，满足食品卫生的要求，不应产生有害物质。应根据产品热处理的目的选择优化方法。
热处理的一些优化方法
| 热处理的种类 | 优化方法 |
| 热 烫 | 考虑非热损失所造成的营养成分的损失（如沥滤、氧化降解等）。 |
| 巴氏杀菌 | 若食品中无耐热性的酶存在时，尽量采用高温短时工艺。 |
| 商业杀菌 | 对对流传热和无菌包装的产品，在耐热性酶不成为影响工艺的主要因素时，尽量采用高温短时工艺。对传导传热的产品，一般难于采用高温短时工艺。 |