清洁田园：及时清除病叶，拔除重病株，带到田外深埋或烧毁。整枝、打杈等操作前用肥皂水洗手，防止传播病毒病。
温湿度管理：定植后，2～3天不放风，以后视天气情况由小到大放风。掌握昼温25℃～30℃，夜温15℃～18℃。昼温超过32℃放小风，达28℃时停止放风，以控制棚室温湿度。
水肥管理：①适时追肥：定植后，顺沟浇一次缓苗水，直至坐果前不浇水，当门椒核桃大时可结合浇水每亩追施尿素8～10公斤，隔水追施一次过磷酸钙30～40公斤/亩。进入盛果期，掌握地表见干浇水，结合浇水追肥3次。②喷锌防病：分别在定植缓苗后，结果盛期和后期，在叶面喷施0.05%～0.1%硫酸锌，延缓病毒病发生。
药剂防治：保护地优先采用粉尘法、烟熏法，在干燥晴朗天气也可喷雾防治，注意轮换用药，合理混用。①辣椒疫病：发病初期，每亩用45%百菌清烟雾剂110～180克熏蒸，视病情轻重熏3～4次。或每亩用5%百菌清粉尘1公斤喷粉，7天喷一次，连喷2～3次。或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或68?75%易保水分散粒剂800～1200倍，或52?5%抑快净水分散粒剂2000倍，或70%乙膦铝·锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾。中后期，发现中心病株后，用50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液，或72?2%普力克水剂600～800倍液灌根，每穴100～200毫升。
