农家肥不能与草木灰、石灰氮、石灰、钙镁磷肥等碱性肥料混用。因为人畜粪尿中的主要成分是氮，若与强碱性肥料混用，则会中和而失效。
过磷酸钙不能与草木灰、石灰氮等碱性肥料混用，否则会降低磷的有效性。磷矿粉、骨粉等难溶性磷肥也不能与草木灰、石灰氮等碱性肥料混用，否则会使难溶性磷肥更难溶解，作物无法吸收利用。
钙镁磷肥等碱性肥料不能与铵态氮肥混施。因为碱性肥料若与铵态氮肥料如碳酸氢铵、硫酸铵、硝酸铵、氯化铵等混施，则会增加氨的挥发性，从而降低肥效。
未腐熟的农家肥不能与硝酸铵混施。因为未腐熟的农家肥要经过分解腐烂后才能被作物吸收利用。若与硝酸铵混施，未腐熟的农家肥在分解腐烂过程中氮素会丧失，所以不能同施，否则二者氮素都会受损，降低肥效。
化学肥料不能与细菌性肥料混用。因为化学肥料有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，若与根瘤菌等细菌性肥料混合施用，会杀伤或抑制活菌体使细菌性肥料失效。