有机肥包括除化肥以外一切可做肥料的物质，通常以人畜粪尿、作物秸秆、绿肥为主。有机肥料养分全面，肥效持久均衡，既能改善土壤结构，培肥改土，促进土壤养分的释放，又能供应作物养分，特别是对发展有机农业、绿色农业和无公害农业有着重要意义。但是有机肥料种类很多，功能不一，在秋种时节施用有机肥料也要讲究科学，切忌盲目施肥。在施用上应注意以下几点：
一、有机肥所含养分不是万能的。有机肥料所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不平衡，不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，即使生产绿色食品的农田也要配施矿物肥料，并在作物生长期间配施各种叶面肥。正如世上没有包治百病的万能灵药一样，也不存在万能的有机肥料。
二、有机肥分解较慢，肥效较迟。有机肥虽然营养元素含量全，但含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。而化肥营养元素的含量高，肥效迅速，可根据农作物需要量的多少，进行针对性的补充，但肥效短。有机肥与化肥配合施用，二者取长补短，发挥各自的优势，即可满足农作物对各种营养元素在数量和时间上的需要。为了获得高产应追施一定数量化肥，做到迟速结合。
三、有机肥需经过发酵处理。许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥料中有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过堆沤发酵、加工处理后才能施用，生粪不能下地。
四、有机肥的使用禁忌。腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，不宜与硝态氨肥混用。