无论是秋冬季还是夏季，黄瓜的肥水管理都很重要。如果肥水管理不当，就会造成烂根、沤根、叶片黄化等不良现象。
施肥：有机肥和无机肥相结合。在进行有效的测土之后，根据土壤先前的状况和作物需求，进行配方施肥，以满足作物生长需求。一般作物施肥规律是有机肥加复合肥加微肥加活性有益菌肥。追肥与底肥相辅相成。选肥以多元复合肥和有机肥为主，采取底肥和冲施相结合的方法。这样，可以活化土层，从而增加根系延伸的面积，补充植株所需的各种营养元素。适量施肥。有些菜农朋友在施肥时，盲目增加用量，如底肥过多，会造成烧苗；如冲施肥量过大，容易引起烂根、沤根等。所以施肥时要掌握适量，并且冲施肥料过后，要及时中耕。选用对路的生物肥。生物肥料含有多种有益菌，有活化土壤、提高地温、调节土壤营养的作用。所以适当施用生物肥可促进根系发育，提高黄瓜抗病性。
浇水时间：秋冬季棚室黄瓜应选择在晴天上午，因为这时水温与地温较接近，地温容易提升，而且下半天还有充分排湿的时间。所以说尽量避免在傍晚和连阴天的时候浇水，以免引起蔬菜病害的大发生及蔓延。
浇水量：如果冬天里棚室黄瓜严重缺水时，切不可浇水量过大，这时土壤易缺氧而引起根系窒息烂根，地上部叶片发黄甚至死亡。
水温：秋冬季黄瓜浇水最好选择地下水，水温不能低于3℃，并且水量要小，浇水当天，要尽快恢复地温。与此同时，还要尽量排湿，如果湿度过大，很容易引起霜霉病和白粉病。