一、保护地番茄施肥的原则: 以基肥为主，追肥为辅。
重施优质有机肥做底肥，不仅能提供前期所需的氮素营养，更重要的是有机肥能补充土壤中氮、磷、钾、钙元素及某些微量元素的不足。在一般土壤肥力水平下，可撒施优质腐熟的农家肥7000～8000公斤/亩，深翻40厘米，再倒翻一遍，掺匀肥土，耙细整平。开沟深10～15厘米，并沟施过磷酸钙20～30公斤 /亩或磷酸二铵20公斤/亩，尿素10公斤/亩，硫酸钾20～30公斤/亩，封闭温室升温烤地几天后，浇足底水再定植。定植时浇足水，缓苗后控制浇水，勤中耕，促根下扎，防高温高湿徒长。
番茄前期追肥不宜过多，结果以后要施重肥。追肥原则是：由少到多，由稀到浓，前期以氮为主，后期以磷为主。稀粪水和化肥交替使用。土壤干旱追肥宜淡，土壤温润宜浓。整个生育期追肥3～5次。
(1)轻施发棵肥：幼苗定植后以氮素营养为主，最好在第二穗果开花期追施，会促进早结果、高产量。一般是定植后10～15天，结合浇水追施人粪尿500公斤/亩，或者尿素10公斤/亩，或硫酸铵20公斤/亩。
(2)重施催果肥：第一穗果开始膨大时，根系吸收养分能力旺盛，此时养分供应十分重要，也是番茄一生中重点追肥期。以氮肥为主，并配施磷钾肥。一般施磷酸二铵10～15公斤/亩，或硝酸铵15～20公斤/亩，并配施硫酸钾10公斤/亩左右。
(3)巧施盛果肥：于第一穗果采收后，第二穗果膨大时施用。因番茄进入果实旺长期，需肥水多，否则易落花落果。此期施肥量要大，并特别注意配施磷、钾肥和微量元素肥料。一般施三元复合肥或磷酸二铵40～50公斤/亩，或腐熟的稀人粪尿1000～1500公斤/亩，随水冲施。
(4)适施接力肥：日光温室冬春茬或秋冬茬栽培中，晚熟品种番茄，结果期长，产量高，需肥量大。因此适时适量追施防早衰肥很重要。一般每次追施三元复合肥30～50公斤，或稀粪尿肥1000～1500公斤。
此外，若发生脐腐果，可及时喷施0.5%氯化钙，连喷数次，防治效果显著。