菌肥是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在施用过程中，必须注意以下五要点：
一是施用菌肥要注意田间实际状况。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二是注意棚温、地温和水温。施用菌肥的最佳温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度，土壤含水量是60～70%左右。
三是不能和其他农药混用，防止活菌致死。注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
四是因量制宜。对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
五是因时制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果