对于一些有着特殊生理情况的宝宝来说，普通的婴儿配方奶是不能满足他们的需要的，也就是说，特殊的婴儿需要特殊的婴儿配方奶。这些婴儿配方奶需要经过特别加工处理，食用前，还需请教专业的医师、营养师，不可随意食用。
特殊婴儿配方奶依其特性又可分为：
² 不含乳糖之婴儿配方奶：适用于对乳糖无法耐受的婴儿。按其原料来源不同可分为以牛乳为基础的无乳糖婴儿配方奶和以黄豆为基础的无乳糖婴儿配方奶。
² 部份水解奶粉：适用于较轻度的腹泻或过敏的婴儿。
² 完全水解奶粉：适用于严重的腹泻、过敏或短肠症候群之婴儿。
² 元素配方奶粉：适用于最严重的慢性腹泻、过敏或短肠症候群之婴儿。
² 早产儿配方奶：主要成份（如乳糖改为葡萄糖聚合物，中链脂肪酸取代部分长链脂肪酸）已经修正为适合早产儿使用。
² 苯丙酮尿症婴儿奶粉：适用于患有苯丙酮尿症的婴儿奶粉。