加入WTO后，我国的医药商业企业为应对全球化竞争，逐步开始了规模化、集约化经营之路，并且通过资产重组、并购等方式，形成了一批规模化经营的医药商业企业，这在提高医药商业竞争力方面取得了一些的成绩。这种新的经营模式最根本的目的就是降低成本，提高竞争力，参与全球医药市场竞争。而事实上，目前医药商业在新一轮重整后的成本并没实实在在地降下来，还存在许多制约我国医药商业发展的因素：
首先，我国药品流通领域的成本费用过高。我国的药品流通利润空间占了总价差份额的约45%，而医药商业的大部分价差利润就变成销售成本费用。有统计表明，中国的医药商业企业费用率奇高，其毛利率平均为12．69%，费用率平均为12%左右。
其次，目前我国医药商业企业亏损严重。医药商业全行业的销售利润率不到1%，全国30个省市有15个省出现总体性亏损。医药商业企业利润空间占流通领域利润空间的大部分，而商业亏损如此之大，我们不得不重新分析我国商业的运作模式是否合理。
再者，新形势下的低水平重复建设现象抬头。在集约化、规模化、连锁经营的形式下，企业为了抢占市场，迅速在各地组织配送人力和运输工具，争相建立连锁配送中心，出现了新一轮的低水平重复现象。
最后，医药商业企业的坏账损失和应收账款问题突出，严重减少医药商业的利润，降低了资金利用率。
随着医药商业的不断发展，以上这些问题将会更加突出，而且还会有新的高成本问题出现，因此，研究如何降低医药商业企业的成本问题显得十分必要和迫切。
一、降低医药商业企业成本是药品规模化经营的需要。我国加入WTO后，为应对国外医药商业的竞争，规模化和医药连锁经营已成趋势，连锁经营的方式势必有药品的大批量的流，因此，为提高医药商业的竞争力，有必要降低药品流通领域的物流和资金流的成本。
二、降低医药商业企业成本是增加医药商业竞争力的需要。与国外的医药商业相比，我国的医药商业竞争力不强。根据WTO的相关协议要求，我国已向外资开放药品分销服务，我国的医药商业企业不得不面对全球医药市场的竞争。基于国内医药企业还不能在规模上迅速成长以提高竞争力的现实，在成本控制上积累足够优势就显得尤其关键。价格是首先考虑的因素，而价格的下降必须依托成本的最低化，因此，有必要采取有效措施降低占去大部分利润空间的流通领域的成本。
三、降低医药商业企业成本是遏制又一种低水平重复建设的需要。药品的物流已经成为药品销售的重要组成部分，不少企业为抢夺市场，争相建立自己的连锁配送中心，却没有充分考虑其合理性和成本最低化，又一轮重复建设抬头。因此，合理利用资源、降低流通成本势在必行。
四、降低医药商业企业成本是降低药品价格，更好满足全社会对药品需求的需要。药品价格已经一降再降，政府还会逐步降低各类药品价格，而药品流通领域占了药品利润空间的大部分，更有必要尽快降低成本，以满足医疗改革的需要。
医药商业企业的运作全过程包括两个过程：
其一是药品顺利供应到消费者手中，其二是销售资金的快速收回。前者称为物流，后者可以称为资金流，而这两个程序的顺利完成就得有畅通、高效、及时的信息流。药品流通领域的成本和费用就是用于执行这两个程序，这磨损掉我国药品流通领域利润空间的极大部分，另一方面它使得我国的医药商业企业亏损严重。
物流是基础，资金流是目的，信息流是保障，此“三流”的高度协调统一是药品流通领域降低成本，增强医药商业的竞争力的根本。
一、信息流
医药商业运作的顺利进行必须有准确、及时、通畅的信息流，它是资金流和物流在医药商业企业完成的保证。在商业企业从采购业务到销售部门将货款收回的全过程中，销售管理人员应当时时刻刻关注：哪种药品急需采购，哪一批药品正处于订货阶段，哪一批药品正在运输途中，哪一批正在仓库中；客户是否签收，药品的销售数量，已经收回货款的量及比例，还有多少的货款没有收回等等情况。采用网络信息化管理，通过联结不同物理地销售点、配送中心、仓库等，保证信息的及时互流，首先使医药商业企业能监控整个订单流动的各个状态；然后通过Internet技术，把订单状态发到各个环节管理人员手中，使企业管理人员可以对每一项业务的状况了如指掌，这样就大大提升工作效率，减少由于信息不畅带来的高价采购、库存积压、缺货等等情况，以保证药品能消耗最少的资源传送到消费者手中，并尽快将货款收回。信息流及时、通畅、准确，是医药商业企业运作井然有序，形成一个良性循环体系的基础。
二、药品物流
1954年，美国经济学家鲍尔·康柏斯提出，物流是“市场营销的另一半”。英国著名经济学家克里斯多夫也认为：“真正的竞争不是企业与企业之间的竞争，而是供应链与供应链之间的竞争”。药品的物流是药品流通全过程的一个程序。我国的药品物流系统还处在起步阶段，物流运作管理还不成熟，有待转变运作方式，不断完善。目前我国的医药商业企业不得不经历从功能管理向过程管理的转变。传统的医药商业流通将采购、存储、分装，销售、配送等功能活动分割开来、独立运作，而这些功能都具有各自独立的目标和计划，它们可能会发生冲突，增加内耗，提高成本。所以，想要药品的销售全过程的协调一致、低成本运作，就要对商业企业运作各个环节采用过程管理。
所谓过程管理就是从药品的采购到储存、养护、运输的各个环节的每一道工序采用标准操作规程（SOP）管理，协调一致、统一行动，严格控制费用，降低成本。基于药品流通的特殊性，药品的物流更要注重每个环节的管理，在药品流通的每一道工序中由专业人士根据实际情况，充分利用信息和网络技术，运用现代化组织和管理方式将运输、仓储、装卸、分装、配送、信息等环节进行整合，进行一体化经营。制定标准操作规程，指定专人负责完成并记录，由第三人核对记录。其目的就在于保证药品安全有效的同时保证花费最少的时间和资金完成既定的任务。
三、资金流
医药商业企业的另一个运作程序就是将货款尽快收回。商业企业的销售货款未能及时收回则形成应收账款，导致资金周转率下降，实际上这将导致企业的损失。
依据应收账款的资金损失量化公式：(1)A1=S*Mr-S*I*△T-C*△T-D
A1-销售利润、S-销售量、I-银行利率、△T-迟延时间、C-回款费用、D-坏帐损失。随着收款的时间的迟延销售利润率将会不断减少，直到亏损。更有甚者，如果时间超过信用期，可能导致坏帐损失，导致直接损失。
根据折扣方式现金销售公式：(2)A2=S*Mr-S*P-C
A2-销售利润、P-折扣率、其它符号含义与(1)式同。
随着折扣率的提高，销售利润不断下降。因此在二种渠道之间，首先考虑Ａ值大于零，保证药品销售有利润，其次，比较Ａ1和Ａ2的大小，选择可以获得较大利润途径回款。这是医药企业重视，但是往往很难解决的问题，现在的医药行业是买方市场，销售方要求回款一般处于被动的处境。因此，如何迅速收回销售资金是一个值得思考的问题。可以采用的渠道，其一是与客户签订合同以明确回款日期，不至于到最后成为坏帐，避免坏帐损失，其二可以研究如何在折扣上适当下调，以换取买方的及时回款。