是消化管最长的部分，上连幽门，下与盲肠相接，全长5～7米，盘曲于腹腔中、下部，可分为十二指肠、空肠和回肠。为消化与吸收的重要部位。
小肠分部:
空肠（jejunum）与回肠共同盘曲于腹腔中、下部，上端连十二指肠，下与回肠相连。通常位于左腰部和脐部；管径较大，管壁厚，血管分布丰富。
回肠（ileum）上接空肠，下端连接结肠，通常位于脐部和右髂部，管径较小，壁薄。
小肠各部肠腔结构大致相同，腔面有许多半球状皱襞和绒毛。皱襞以空肠中段与回肠近端为最多。环状皱襞表面又有许多细小突起，称绒毛。环状皱襞与绒毛的存在，扩大了小肠腔的表面积，有利于小肠的消化与吸收。肠壁分四层：
粘膜层 包括上皮、固有膜及粘膜肌层。上皮为单层柱状上皮，有柱状细胞与杯状细胞，柱状细胞约占99％，核椭圆形，位于细胞基部。细胞游离面有明显纹状缘，杯状细胞散在于柱状细胞间，量少，胞体膨大，核位底部，为杯形，顶端充满粘液颗粒，可分泌粘液，具润滑、保护作用。固有膜由类似网状结构组织组成。内有丰富的毛细血管网、毛细淋巴管、弥散的淋巴组织和淋巴小结、神经、分散的平滑肌、吞噬细胞、淋巴细胞、浆细胞等，这些细胞亦往往穿入上皮。绒毛由固有膜与上皮形成。肠腺是由小肠凹陷在固有膜中形成的单管腺，亦称李氏腺，几乎占固有膜全部。开口于相邻绒毛之间，腺上皮与绒毛上皮相连续，由柱状细胞、杯状细胞、潘氏细胞和内分泌细胞组成。小肠腺分泌物中有多种消化酶。粘膜肌层由内环行，外纵行两层平滑肌组成。
粘膜下层 为疏松结缔组织，有较大的血管、淋巴管及神经。内含十二指肠腺，有分支管泡状腺可分泌碱性粘液，有保护十二指肠粘膜免受胰液、胃液侵蚀的作用。回肠粘膜下层中常见多个淋巴小结聚集形成淋巴集结。
肌层 由内环行，外纵行两层平滑肌组成。
外膜 除十二指肠外，外膜均为浆膜。
小肠运动包括紧张性收缩、分节运动和蠕动，并有蠕动冲与逆蠕动，迷走神经传出冲动对整个小肠起兴奋作用，交感神经对小肠运动起抑制作用。小肠壁的内在神经丛对小肠运动也有调节作用。肠腔内食糜的理化因素可刺激肠粘膜感受器，先引起纵行肌收缩，继而影响环行肌活动。体液因素中，5-羟色胺起神经递质作用，增强小肠运动；幽门窦分泌的胃泌素、促胰酶素等也加强小肠运动。食糜在小肠中停留约3～8小时，与肠内各种消化液充分混合，并被充分消化与吸收。
十二指肠（duodenum）小肠起始段，位于腹腔后壁，长约25～30厘米，相当于十二个手指的指幅，因此得名。全长呈“C”形，包绕胰头，可分上部、降部、下部和升部。上部又称球部，为溃疡病好发部位。降部紧贴第2～3腰椎右侧，其后侧壁粘膜有乳头突起，称十二指肠乳头，是胆总管和胰导管末端共同开口处，下部向左横跨第3腰椎。升部向上至第二腰椎左侧，向前下方连接空肠。