脊椎动物胚胎咽侧壁的5对囊体。水栖脊椎动物，这5对囊体向外突，在它相应的外胚层部位向内陷，两者相遇并打通，形成由咽部与外界相通的鳃裂。陆栖脊椎动物用肺呼吸，但在胚胎期也形成5对咽囊，这些咽囊在发育中形成一系列衍生结构：第一对咽囊的远端部膨大形成中耳鼓室，其近端部仍保留着和咽的联系，成为耳咽管；第二对咽囊在哺乳类形成腭扁桃体，在其他陆栖脊椎动物多趋于退化；第三、四对咽囊的上皮形成甲状旁腺（背侧）和胸腺（腹侧）；第五对咽囊的上皮形成后鳃体，该腺体位于甲状腺旁，分泌的激素称降钙素，其生理作用主要是调节血浆中钙离子的浓度。咽囊的底面中央处发生出甲状腺。
