通常，免疫可以分为专一性和非专一性。非专一性的免疫又称为先天免疫。先天免疫的机制主要包括五道防线：解剖性、生理性、胞摄性、吞噬性及发炎性等的防线。
在解剖性的防线中，主要依靠皮肤和粘液。皮肤的表皮层可以阻止外来物的侵入，而真皮层的皮脂腺会分泌皮脂，以防止大部分微生物的繁衍。粘液由粘膜所分泌，例如唾液、泪液等含有抗菌和抗病毒成分，以冲刷这些入侵者。在下呼吸道和消化道中，人类藉由纤毛的摆动来移除粘液所带来的微生物，这也是身体抵御外来病原的第一道防线。
生理性的防线包括温度、酸碱值、氧和一些溶解因子，例如鸡的体温比较高，可以抑制炭疽的发生。另一方面，只有少数的病原能在胃酸里存活，新生儿由于胃酸不足，所以比成人容易生病。溶解因子也属于非专一性的免疫，包括溶酉每和干扰素等都可以溶解细菌或降低病毒的感染活性。
胞摄及吞噬作用是两种很重要的先天免疫机制。胞摄作用是指细胞把胞外的分子摄入的能力，分子被摄入后，会形成摄入体，最后，摄入体和溶菌体中的溶菌酵素作用，而把摄入的分子分解再排出胞外。吞噬作用是利用细胞膜伸出像变形虫的伪足包围粒子，摄入形成吞噬体。吞噬作用与胞摄作用一样会和溶菌体结合，经溶菌酵素的作用分解消化吞噬的物质。
发炎反应主要有三种基本特性：（1）血管扩张使得组织温度上升，（2）血管通透性增加，（3）吞噬细胞移动到发炎区。发炎反应是由一连串化学媒介物质的交互作用所产生的，包括一些细胞的酵素系统、补体系统和噬菌细胞的作用（尤其是嗜中性球及巨噬细胞）。补体系统是参与酵素反应的一些血清蛋白，其组成通常是蛋白质或糖蛋白质复体，其最终可促进免疫细胞，如嗜中性球、巨噬细胞等，产生细胞毒杀作用。发炎反应结束后，吞噬作用会带走细胞残骸，最后就是组织的修复和再生。
嗜中性球和巨噬细胞的重要功能便在于噬菌作用，以消化和破坏入侵的微生物来达到防御的目的。如果先天或后天的噬菌作用不完全或有缺陷，会导致宿主对病原感染机会的增加。所以，噬菌细胞在宿主对抗微生物感染时扮演着重要的角色。
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