２０世纪７０年代基因工程技术兴起时，基因重组实验必须在"负压"实验室进行。为了防止基因重组的生物当时主要是微生物不致进入人体或逃逸到外界，实验室设立了各种等级的物理屏障和生物屏障。虽然以后对非病原体基因工程实验的规定有所放宽，但有关生物安全的原则不变。各国政府对于基因重组实验颁布有相应的操作规程，以防范重组生物进入人体或扩散到实验室外。但是今天，基因重组生物还是堂而皇之地进入了大自然。不可否认，国外对现有已推广的几十种基因工程作物在审批时均认真地考虑过它们对人体和环境的安全性，但事实证明，过去的考虑并不充分，认识也有局限性，更缺乏长期的数据。
美国得克萨斯州一生产无公害即绿色食品玉米的农场，所生产的玉米因发现含有附近地区种植的基因工程Ｂｔ玉米的转基因，结果迫使这家农场将这批所谓"无公害"玉米全部销毁。研究表明，这是通过交叉授粉传播的。类似这种通过交叉授粉使基因工程玉米的Ｂｔ基因转移到传统玉米作物上，在欧洲和加拿大的许多送检样品中也发现过。
美国大面积推广基因工程作物，使美国许多非转基因作物的种子中有0.01％～1％含有来自基因工程的转基因。这样的污染程度，连最挑剔的德国和日本粮食商也只好无奈地规定：进口北美传统作物的种子，其中转基因污染不超过0.1％就算合格。
由此看出，基因工程作物中的转基因能通过花粉风扬或虫媒所进行的有性生殖过程扩散到其他同类作物已是不争的事实。这是一种遗传学上称为"基因漂散"过程。而这种人工组合的基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分，在环境生物学上则称为"基因污染"。其次，传统作物被转基因作物污染，从种植到成品，几乎每一个环节都有可能发生。在田间发生杂交是原始的污染，第二次污染则发生在没有清理干净的仓库和运输环节，致使传统作物的种子混杂有基因工程作物的种子。