目前尚无特效的病因疗法。总的治疗原则为抗感染、抗肿瘤、杀灭或抑HIV病毒、增强机体免疫机能。
1、抗感染治疗针对各种机会性感染和合并感染用药：
a、抗病毒类感染药物：疱疹病毒感染可用无环鸟苷，每次800毫克，每日4次口服，共用周2周，不良反应有皮疹、肝肾损害及备用细胞减少，但均表现较轻而可耐受。巨细胞病毒感染可选择磷铒酸盐、丙氧1鸟苷，也可选择阿糖腺苷。病毒唑为广谱抗病毒药物，对RNA及DNA病毒感染均有效，每次200毫克，每8小时静脉滴注一次，不良反应小，患者多可耐受。
b、抗细菌感染用药：尽量选择高效有针结性抗生素，用至感染控制。对分枝杆菌感染者可选用利福平，每日600毫克口服；对金葡菌感染者联合应用乙胺卡那霉素经提高疗效。并对链球菌感染者，要考虑到抗药菌株为多，应选择耐β内酰胺酶类药物，如美满霉素、阿齐红霉素、罗红霉素等；对非伤寒沙门氏菌属、肠道杆菌感染者，应选择对革兰氏阴性菌有效或广谱类抗生素，如头孢霉素或喹诺酮类药物。
c、抗真菌类药物：对浅部真菌感染，较局限的可用霜外用，泛发者可用酮康唑口服；对念珠菌皮炎或口腔、阴道炎症，可用制霉素与含片及栓剂局部应用等，对少见菌株及对酮康唑及氟康唑反应不佳者，可选用二性霉素Ｂ治疗等。
d、抗原虫类抗生素：卡氏肺囊虫肺炎选用复方新诺明、氨苯砜及羟乙基磺酸戊烷咪。目前认为复方新诺明作为首选药，应用剂量为每次3～4片，每日３次。由于大剂量应用，可引起粒细胞减少及肝炎。如复方新诺明应用１周后无效，应改用其他药。对复发者可继续用小剂量复方新诺明及戊脘咪喷雾剂治疗。对重症患者，可加用皮质类固醇激素以提高抢救成功率。 弓形体病一般选用乙胺嘧啶，每日25～100毫克，首量加倍。与磺胺嘧啶磺胺甲基嘧啶及磺胺二甲基嘧啶联合应用，可提高疗效。尚可选用氯洁霉素，特别对有脉络膜感染者疗效肯定。 对急性感染的孕妇，则选用螺旋霉素；隐孢子虫病也选用螺旋霉素，而等孢子虫病多选用复方新诺明。
2、抗病毒治疗 病毒唑作为广谱抗病毒，对HIV有一定疗效，可选用。异构多聚阴离子－23连续静滴数月，可杀灭HIV，α—干拢素也可作为辅助抗病毒药物选用。
3、抗肿瘤治疗 根据不同肿瘤类型选择化疗、放疗及免疫调节疗法方案。对常见的卡波济肉瘤，常选用长春新碱及长春花碱，取得一定临床疗效，可交替应用。足叶乙甙可能比长春花属生物碱更有效及安全。放疗对症状缓解作用较好，可配合化疗应用。
4、免疫调节及免疫重建治疗 免疫调节治疗药物有免疫增强剂，如异丙肌苷，该药可促进γ-干扰素及白细胞介素－2形成，增加T4活性。尚有香菇多糖、干扰素等免疫调节药物，可酌性选用。另骨髓移植、胸腺移植及淋巴细胞注入等免疫重建疗法，在艾滋病的治疗中均有积极作用。
[预后］ HIV抗体阳性者以数月至10余年后最终发展为典型患者，艾滋病患者出现临床表现后生存期一般为2年，经有效治疗可延长至数年，但目前的医疗水平，尚无根治疗办法，最终发展为死亡。