能控制接穗生长、使嫁接树树体小于标准树体的一类砧木。利用矮化砧木栽培的苹果树冠为乔砧树的1/2-2/3利用矮化砧适于密植，栽植后一般2-4年开始结果，6-8年即进入丰产，矮化砧木已在世界苹果生产中广为应用，梨和柑橘的矮化砧木也进入实用阶段，桃、杏、樱桃种的矮化砧木的研究和培育也在发展中。
矮化砧木首先在苹果中发现并被利用，欧洲，尤其是西欧应用历史悠久。乐园苹果(Malus pumila var. paradisiaca)和道生苹果(Malus pumila var.praecox)是一些矮化砧木的原始类型。
主要果树的矮化砧木
一、苹果矮化砧木：现在苹果生产上应用的矮化砧木都是无性系砧木，与实生乔化砧木上的树冠比较，矮化砧木生长势力的分组情况如下。
1?M系矮化砧木：有①M2。嫁接后生成半矮化树，根深耐旱，适合轻壤土。因其抗寒性差，嫁接树果实不整齐，现已少用。②M4。嫁接后生成半矮化树，结果较早，产量高，较耐寒。根系较小且分布浅，不耐旱，结果后衰老较快。③M7。嫁接后生成半矮化树，早结果，早丰产，抗寒耐瘠薄，适应性强，但易生根癌，是各国广泛应用的砧木。④M9。嫁接后生成矮化树，早果性强，嫁接多数品种1-2年即可开花，果实品质风味亦佳，唯其根系小且分布较浅，固地性差，木质脆而易断，抗逆性不强。⑤M26。嫁接后生成矮化树，矮化程度介于M9和M7之间，抗逆性、固地性强于M9。抗寒力较强，可耐-17.8℃的土温。为各国推广砧木。⑥M27。为极矮化砧，嫁接树树高只有M9的一半。适于高密度栽植。⑦MM106。嫁接后生成半矮化树，树体大小与产量接近M7。根系发达，固地性好，抗寒耐瘠薄，适应性强。是各国广泛应用的砧木。
2?MAC系矮化砧木：嫁接后生成矮化树的有MAC1、9、10、25、39、46等，其中MA9又称马克(Mark)，早果，丰产，固地性好，适应性强，受到各国好评。
3?渥太华系矮化砧木：嫁接后树体大小介于M9和M26之间，较M26丰产，抗寒，因生根困难，适用作中间砧。
4?CG矮化砧木：其中CG10、CG80为矮化砧，早果、丰产、固地性较强、极抗颈腐病。
5?P系矮化砧木：其中P2、16、22为矮化砧，结果早、丰产、抗寒力强、极抗颈腐病。
6?B系矮化砧木：其中B9为矮化砧，B118为半矮化砧，抗寒力强。
中国从武乡海棠中选出了抗寒性强的矮化砧木S20和半和矮化砧S63，早果性强、果实品质好，但生根困难，宜作中间砧。
二、梨矮化砧木：榅桲是西洋梨的矮化砧木，法国现在约有90%的梨树以榅桲为砧木。生产上应用最多的是EMA、EMB和EMC3种砧木。EMC为矮化砧，EMB为半矮化砧。榅桲与
中国梨之间存在嫁接不亲和现象。
三、柑橘矮化砧木：枳，又称枸橘，原产中国，是柑橘的半矮化砧木。极抗寒，能耐-20～-28℃的低温。但根系较浅，抗旱、耐涝能力稍差。是金柑、酸橘、华盛顿脐橙、葡萄柚的优良矮化砧；对椪柑、温州蜜柑、锦橙、哈姆林甜橙等也有较好的矮化作用。糖橙是先锋橙的优良半矮化砧木，宜昌橙是先锋橙的矮化砧木。
四、桃矮化砧木：郁李、毛樱桃、矮扁桃、圣儒利昂李A、西沙樱桃等都可作为桃的矮化砧木。