人类在从事航海的过程中，会受到水面及水下各种环境因素(物理、化学、生物及水文气象因素)的影响。船舶的机动性大，在较短时期内可航行在不同海域，停靠不同港口码头，接触面广泛；船舶舱室空间狭小，船员居住密度较高；出海航行期间淡水及新鲜食品供应受到限制；远离陆地、生活单调，环境孤独；又要值更值勤，工作紧张、劳动强度大，体力消耗多；船上还有噪声、振动、颠簸、高温、高湿、微波、辐射、有毒物质空气污染等因素的作用，影响休息睡眠和健康。
航海医学就是研究这些环境条件引起航海从业人员的生理、心理反应，病理变化，疾病的发生、流行规律、诊断和防护以及治疗措施，使航海人员能在航海过程中适应环境保持健康、增强体质、提高工作效率、顺利地完成任务，从而为航海事业提供医学上的技术保障。所以，航海医学就其任务的重点来说，属于预防医学范畴。
航海医学是随各国海军的发展而发展起来的。从公元前2500年埃及海军诞生起，到公元十世纪为古代桨船时期，此时海军已编有医务人员。
公元前12世纪，古希腊派出舰队漂海攻打敌方时，已有海军医生进行“拔除箭头，敷上减轻疼痛草药”的记载。公元前271～前14年，古罗马帝国海军已编有随舰队执行医疗任务的专用船只。当时航海仅限于沿海岸航行，每天靠岸休息，船员生活条件与沿海居民大致相似，军医的职能主要是在海战中救治伤员，航海医学问题还不突出。
公元10～18世纪，造船和航海技术有了很大进步，中国的指南针和火药亦已西传，海军进入帆船时期、装备了火炮；舰船已能航行远洋，船员们定居在舰船上，海军军医也就开始研究舰船上出现的各种医学问题，并逐渐认识到：舰船上疾病流行与舰船卫生条件恶劣，船员体力劳动繁重、营养不良，供水不足等因素密切有关。
公元15世纪开始，随着资本主义的产生、海外贸易兴起，各海军强国进行的探险、远征等活动日益频繁。这时远洋航行常受传染病和维生素缺乏症的严重威胁的情况开始受到重视，一些国家的远征舰队因伤寒、霍乱、痢疾、疟疾的流行，坏血病的肆虐而屡告失败。在16世纪，英国海军舰员的阵亡率与病死率之比为1:50；17世纪，每年死于坏血病者可达5000人；18世纪，有一支远征舰队4/5的舰员死于坏血病。因此英国海军认识到“要控制海洋，首先取决于征服航海疾病”，这为航海医学这一学科的发展提出了客观要求。
18世纪50年代，有长期航海经历的苏格兰医生林德，深入研究了航海人员在航海过程中所罹患的坏血病，1754年提出食用新鲜水果或柠檬汁可防治坏血病；介绍了蒸馏海水以获得淡水的方法，以及预防斑疹伤寒的途径；同时制订了一些在舰船上预防疾病以及有关航海卫生的规章制度。
1757年他发表的《论海员保健的有效方法》一文是较早期的航海医学文献。此后，英国海军舰队迅速采取一些卫生措施、颁布有关指令，使舰员的发病率、病死率明显下降。
18世纪末19世纪初，出现了以蒸汽机为动力的舰船；19世纪末，各国海军基本完成了从木质帆船向蒸汽装甲舰船的过渡；19世纪中期到20世纪中期的百年，正是科学技术现代化的变革阶段。在这种形势推动下，各海军强国先后建立卫生领导机构，兴办了培养海军医学专业人员的院校和开展航海医学研究的研究单位，利用自然科学和医学科学的成就，结合海军的实际情况，开展研究工作，加强了航海条件下的卫生建设，提高了平战时航海医学保障的水平，为航海医学的建立和发展奠定了良好的基础。
20世纪中期以来，海军进入了以导弹化、电子化、核能化、自动化为主要标志的现代化时期，保障海军人员健康、维护其作战能力的医学保障任务更加繁重复杂，海军航海医学亦进入了全面发展的新阶段。
以维护人员健康、提高作业效率为目的的医学保障工作不仅更为重要，而且发展得更为迅速。由于它包含的内容较多，且各个专业又具有相对独立性，所以海军航海医学又进一步发展建立了另一个层次的许多专业学科，如：海军卫生勤务学、舰艇卫生学、海军疾病流行学、海军潜水医学、海军防核防化防生物武器医学、潜艇医学、军事医学工效学等。
所有这些学科的知识和技术，若结合民用条件，即可移植到民用领域。因此，现代航海医学包括了军用和民用的、水面和水下的各种航海过程中发生的医学问题。
航海医学研究的范围十分广泛，涉及许多专业，这其中主要有：
船舶卫生，着重研究各种环境因素下—高温、高湿、噪声、振动、照明、有害气体、有毒物质微波、核辐射、冲击波等对机体的作用和影响的规律，并据以研究制订卫生防护措施。
船舶防疫，着重研究传染病在码头-船舶间、在船员中的流行规律，及影响因素，以及消毒、杀虫、灭鼠、洗消技术，并制订各种传染病的防疫管理措施。
船员医疗保健，着重研究与航海条件有关的心理状态及特发病、多发病、常见病(如晕船、胃肠道功能素乱、腰腿痛、皮肤疾患等)的发病机理、临床表现及适合于航海条件下执行任务时的诊断方法和防治措施，同时研究制订关于船员的医学选拔、体格检查标准，健康检查，个人和集体卫生，营养卫生，烹调卫生，食品饮水的卫生监督，检修中的卫生，服装卫生，污物处理，应急口粮饮水的储备，值更值勤，安全操作，生活作息等的规章制度。
从人-机-环境系统及工效学角度，提出各种卫生学设计要求或标准，改善居住和劳动作业环境条件，提高工作效率，更好地达到保健的目的。这要求航海医学部门与船舶、装备设计建造部门密切结合。
中国古代的造船和航海技术曾居世界领先地位，可惜有关航海医学的资料留传至今者极少。明代郑和七次出使西洋，其船队共配有医官、医士180名(每150名船员一名)，他们负责治疗伤病，沿途采集药物：并对物产、风俗习惯、气候及“瘴气”等情况进行调查；航行中采用药水沐浴以预防疾病；当时船舶硕大，设有住舱、厨房、水柜，生活设施较好；并专备战舰、马船、粮船、水船、重视给养和谈水的贮存补给。
中国近代海军始建于1865年，1889年在旅顺、威海建有水师疗养院；1892年在天津设储药施医总医院，内有西医学堂(1915年改称海军军医学校)，为海军培养医官、并效法西方海军卫生工作，制订预防传染病、维护海军人员健康的规章制度。少数有识之士还介绍外国海军舰艇常见病、多发病的预防知识。国民党的海军也按舰级编配卫生人员，在沿海主要港口建海军医院。但都未能很好开展工作，水平落后。
中国现代航海医学是从人民解放军海军创建后，按照军事航海的要求逐渐发展起来的。50年代初期，各级舰艇即配备了专职医务人员(从军医主任到卫生员)；相继成立了医学研究、教学机构，在沿海各基地港口建立了数十所医院、疗养院；健全了各级卫生防疫机构，形成了有机的医疗卫生网络体系。制订了各种卫生学标准和规章制度，防止了传染病流行，维护了舰员身体健康。