1. 取RNA
2. 将电泳槽和板,梳齿浸泡在3%H2O2中20-30分钟,并吹干
3. 跑1%琼脂糖凝胶,检测样本RNA含量
4. 变性胶
在桌面上利用保险膜铺出一块干净的区域,将1.95g 琼脂糖加入110ml 的 DEPC-H2O (加热前可在三角瓶上做一个记号,在加热后把蒸发的水分补足)加热沸腾,冷却(补水)至60度左右。加入15ml 10xMOPS (PH8.0)和25ml 甲醛,混匀后倒胶,冷却待用。
5. 电泳液(1L)
100ml 10xMOPS (PH7.0)
800ml DEPC-H2O
100ml 甲醛
6. sample buffer(-70度保存)
1650 μl 体系:
200μl 10xMOPS (PH8.0)
350μl 甲醛
1ml 甲酰胺
100μl loading buffer(DNA用染料)
用枪吹吸混匀
以样品RNA : sample buffer= 1:3 (v:v) 的比例加入 (RNA marker 同样)
点样前 68℃ 5分钟(RNA marker 同样)
7.跑电泳
120-150V,大约4-6小时(跑到整块胶还剩下1/3)每半个小时吸一次阳极的电泳液到阴极(平衡酸碱性),将胶切下。如加RNA marker 则用EB染5’,洗20’,将胶切去一个角作为位置记号。
8. 转膜
转膜液: 20xSSC:
1000ml体系:
175.3g NaCl
88.2g 柠檬酸纳
NaOH 调节到PH7.0
定容
搭建盐桥:将20XSSC倒入白磁盘中,上担一块玻璃板,用一张大滤纸,两边浸入白盘中SSC,注意:防止短路,接触面不能有气泡,上反放胶,覆与胶等大的尼龙膜,再覆等大的滤纸,再压上一叠吸水纸,压上重物。
9. 压膜16h以上,期间要换吸水纸。紫外交联2’。7XSSC洗15’。用滤纸包膜,以培养皿压住。
10. 烘膜
80℃ 2h
旧膜以煮沸的洗膜液洗脱两次,10’每次轻柔震荡。
11.预杂交
先用水冲洗杂交管,再用洗膜液冲洗。
加5ML 预杂交液(杂交液没过膜即可)于杂交管中,将膜小心放入用杂交液将膜浸润,使其贴在管壁上,不可有气泡,有DNA的一面朝向管内,放入杂交炉中55度转3hr以上,(旧膜半小时)
12. 探针标记
1. 做柱子
用烧红的针头将0.5ml的离心管底部戳一个小洞,加入玻璃纤维将开口堵住,入Sephadex G50 3000rpm 5’,待液体流尽后,加入TE洗涤三次(3000rpm 5’)。
2. 标探针
在离心管中加入探针约2ul(20-70ng, 太多会竞争性吸收同位素),
oligo(kit1) 2μl
buffer(kit2) 2.5μl,
双蒸水12.5μl,
100℃ 5’,0℃ 5’
再加入dNTP(kit4) 2.5μl.
Klenow 1μl
双蒸水6ul
-p32-dCTP 1.5μl,
37℃水浴 20-30’
加入TE 100μl,过柱纯化,套上大1.5ML 安培管,3000 rpm 3-5min , 再加入100μl TE 洗柱子3000 rpm 3min, 加入4μl 6N NaOH 室温变性5min(可先将NaOH加入管中)
5.杂交
将探针加入杂交管中(注意不要加在膜上)65℃杂交过夜(大于16小时),膜不能干掉。
6.洗膜
室温下用少量洗膜液洗涤杂交膜3-5min,注意回收放射性洗液,倒入洗膜液,65℃ 10min 回收洗液,用放射性计数器测一下放射强度,视放射强度,然后重复1-2次。
7.压磷屏
用保鲜膜将膜包好(液体要吸干),压磷屏20hr左右,扫描观察。