一般说来应用DNA芯片进行实验包括5个过程：生物学问题的提出和芯片设计；样品制备；生物杂交反应；结果探测；数据处理和建模。
1．样品制备。一般所需mRNA的量是以一张表达谱芯片需要3μg mRNA计算的
不同组织抽提3－10μg mRNA所需组织量
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器官/组织*
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提取3μgmRNA所需组织量(克)
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提取10μgmRNA所需织量(克)
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总RNA得率[单位:毫克RNA/克组织]
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mRNA所占百分比[%]
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成人正常组织
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肝
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0.2083
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0.6944
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1.80 - 1.80 mg/g
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0.80
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成人正常组织
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脑
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缺数据
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缺数据
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1.30 - 1.30 mg/g
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缺数据
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成人正常组织
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肺
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0.3000
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1.0000
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1.00 - 1.00 mg/g
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1.00
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成人正常组织
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心
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0.5000
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1.6667
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0.60 - 0.60 mg/g
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1.00
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成人正常组织
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胃
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0.1852
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0.6173
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2.70 - 2.70 mg/g
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0.60
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成人正常组织
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喉
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0.3125
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1.0417
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1.20 - 1.20 mg/g
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0.80
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病理组织
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结肠癌
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0.2521
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0.8403
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1.70 - 1.70 mg/g
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0.70
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病理组织
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胃癌
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0.4317
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1.4388
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0.50 - 0.50 mg/g
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1.39
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病理组织
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空肠腺癌
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0.3571
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1.1905
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1.40 - 1.40 mg/g
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0.60
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病理组织
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直肠癌
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0.1604
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0.5348
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1.70 - 1.70 mg/g
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1.10
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病理组织
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肝癌
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0.1116
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0.3720
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3.84 - 3.84 mg/g
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0.70
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病理组织
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肺癌
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0.1282
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0.4274
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2.00 - 2.00 mg/g
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1.17
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考虑到个体差异以及样品在研磨、匀浆等过程中的损失，客户提供的样品量应在上述基础上增加1-2倍。
2样本采集过程关键点．
组织标本采集操作建议规程,(取标本所需关键器材和处理要求)
铝箔
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经DEPC水浸泡过夜，78°C烘干，高压灭菌后烘干
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1.5 ml微离心管 |
市场有售RNAase-Free的相应规格离心管
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标签纸
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记号笔
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样品登记表
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由客户指定专人填写
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液氮罐
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应常备液氮罐，并保证液氮的来源
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取材部位的病理切片
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由客户提供1-2张
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注：
·以下步骤1－5应在冰上进行且不超过15分钟，超过时间会导致样品的RNA降解。
·对肿瘤组织的取材，要求尽可能准确地判定肿瘤和正常组织，例如对于手术切除的整个或部分前列腺，可能要根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。
1离体新鲜组织，切成多个1cm3小块，剔除结缔组织和脂肪组织。胃、肠组织应剪除外膜；肝、肾、脾应剪除门部血管神经，肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净（正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净）。
2在RNase-Free 0.9％生理盐水中漂洗样品，以去除血渍和污物。
3用铝箔包裹组织，或用5ml冻存管装载组织(但最好统一采用铝箔)。用记号笔在铝箔或冻存管外表写明样品编号，并贴上标签，迅速投入液氮冷却。
4填写样品登记表，写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等
将液氮冷却的组织放入样品袋（每个样品袋只保存同样的组织），袋口留一根编号绳，绳上粘一张标签纸（标签上注明：样品名称、编号、日期），迅速转入便携式液氮罐
5保留1-2张取材部位的病理切片。
