（一）单纯蛋白酶和结合蛋白酶
蛋白质分为简单蛋白质和结合蛋白质两类。同样，按照化学组成，酶也可分为简单蛋白酶（simple proteinases）和结合蛋白酶（conjugated proteases）两大类。如脲酶、蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、核糖核酸酶等一般水解酶都属于简单蛋白酶，这些酶的活性仅仅取决于它们的蛋白质结构，酶只由氨基酸组成，此外不含其它成分。而像转氨酶（transaminases）、乳酸脱氢酶（lactate dehydrogenase，LDH）、碳酸酐酶（carbonic anhydrase）及其它氧化还原酶类（oxidoreductases）等均属结合蛋白酶。这些酶除了蛋白质组分外，还含对热稳定的非蛋白小分子物质。前者称为酶蛋白（apoenzyme），后者称为辅因子（cofacters）。酶蛋白与辅因子单独存在时，均无催化活力。只有二者结合成完整的分子时，才具有酶活力。此完整的酶分子称为全酶（holoenzyme）。
全酶 = 酶蛋白 ＋ 辅因子
酶的辅因子有的是金属离子，有的是小分子有机化合物。有时这两者对酶的活性都是需要的。通常将这些小分子有机化合物称为辅酶或辅基。金属在酶分子中，或者作为酶活性中心部位的组成成分，或者帮助形成酶活性所必需的构象（conformation）。酶蛋白以自身侧链上的极性基团，通过反应以共价键、配位键或离子键与辅因子结合。通常把与酶蛋白结合比较松、容易脱离酶蛋白，可用透析法除去的小分子有机物称为辅酶；而把那些与酶蛋白结合比较紧、用透析法不易除去的小分子物质称为辅基。辅酶和辅基并没有什么本质上的差别，二者之间也无严格的界限，只不过它们与酶蛋白结合的牢固程度不同而已。
在全酶的催化反应中，酶蛋白与辅因子所起的作用不同，酶蛋白本身决定酶反应的专一性及高效性，而辅因子直接作为电子、原子或某些化学基团的载体起传递作用，参与反应并促进整个催化过程。
通常一种酶蛋白只能与一种辅酶结合，组成一个酶，作用一种底物，向着一个方向进行化学反应。而一种辅酶，则可以与若干种酶蛋白结合，组成为若干个酶，催化若干种底物发生同一类型的化学反应。如乳酸脱氢酶的酶蛋白，只能与NAD 结合，组成乳酸脱氢酶，使底物乳酸发生脱氢反应。但可以与NAD 结合的酶蛋白则有很多种，如乳酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶（malate dehydrogenase，MDH）及磷酸甘油脱氢酶（glycerophosphate dehydrogenase，GDH）中都含NAD ，能分别催化乳酸、苹果酸及磷酸甘油发生脱氢反应。由此也可看出，酶蛋白决定了反应底物的种类，即决定该酶的专一性，而辅酶（基）决定底物的反应类型。
（二）单体酶、寡聚酶和多酶复合体系
根据蛋白质结构上的特点，酶可分为三类：
1. 单体酶
只有一条多肽链的酶称为单体酶（monomeric enzymes），它们不能解离为更小的单位。其分子量为13 000～35 000。属于这类酶的为数不多，而且大多是促进底物发生水解反应的酶，即水解酶，如溶菌酶、蛋白酶及核糖核酸酶等。
2. 寡聚酶
由几个或多个亚基组成的酶称为寡聚酶（oligomeric enzymes）。寡聚酶中的亚基可以是相同的，也可以是不同的。亚基间以非共价键结合，容易为酸、碱、高浓度的盐或其它的变性剂分离。寡聚酶的分子量从35 000到几百万。如磷酸化酶a（phosphorylase a）、乳酸脱氢酶等。
3. 多酶复合体系
由几个酶彼此嵌合形成的复合体称为多酶体系（multienzyme system）。多酶复合体有利于细胞中一系列反应的连续进行，以提高酶的催化效率，同时便于机体对酶的调控。多酶复合体的分子量都在几百万以上。如丙酮酸脱氢酶系（pyruvate dehydrogenase system）和脂肪酸合成酶复合体（fatty acid synthetase complex）都是多酶体系。
