一般在动物体中正常状态下形成的寄生微生物区系，随着寄主机能状态或环境等的改变，可被完全不同的区系所取代，此时新出现的这个区系一般就称为次生微生物区系。在自然界中，如土壤等一些环境中，已成为顶极的某种微生物区系，演替成其他区系的现象是常见的，但在高等动物组织中，为了体内稳定homeostasis），可维持一定的寄生微生物区系。不过在乳儿和杂食的成年人的体中此区系则多少有些不同。另外在患急性细菌性消化道疾病（霍乱、痢疾等）时，而原来以大肠杆菌为主的正常微生物区系可被病原菌所取代。作为次生微生物区系，最近被注意的是慢性重症和细菌区系交替现象。