亦称二级菌丝、双核菌丝、复相菌丝。它是担子菌中由相应的异性的初生菌丝进行体细胞接合而形成的菌丝。其具有分枝状者称为次生菌丝体。菌丝细胞为单倍（n）单核的初级菌丝经体细胞接合后，很容易发生核结合。这样来自双亲的核各自独立成对地在一个细胞内，随着菌丝的伸长，同时进行双核分裂（conjuga-te division），维持双核体（n n）状态。这种核状态，称为复相核。双核分裂时多半呈锔形的形式进行。次生菌丝首先是起营养菌丝作用，然后才形成子实体。在形成的担子器内进行核融合而成为二倍体（2n）。在子囊菌中一般是次生菌丝不发育。产囊孢产生的产囊菌丝相当于次生菌丝。