生物体各部分之间，在形态学上有等价的关系时，把这个关系称为同源。是比较形态学的最基本概念。异种生物在体制上显示同一配置的构造中有某些共同点的器官，即使其机能和形态上有不同，也是等价的，应该看作是同源。这个认识是从圣希莱尔（E
．Geoffroy Saint-Hilaire
）等开始的，他把这个关系用相当于现在的相似的言词去称呼（The orie-des analogues
）。把相似与同源区别开来的是欧文（Owen
，1843
）。不久，同源被认为是了解生物的系统发生、亲缘关系的重要线索，因为同源器官被看作是来源于共同祖先的器官。同时，在同源的认定上被加上了来源于同一胚层的胚胎学事实，以后又加上了对具有同样发生能力的胚区，在同样造形影响作用下所生成的器官互为同源的实验形态学的标准。但是，与此相反，同种器官来源于异种动物的不同胚层的，也屡见不鲜。因而有人提倡同源应该回到纯粹的比较解剖学的定义上去（A
．Remane
．1956
）。为了区别上述纯形态学的、进化的、实验形态学的三种同源，有的称为形式同源、历史同源、成因同源。而且，“同源”一词，在比较同一个体的各部分时也逐惭被引用。这种同源称为一般同源，以与上述特殊同源相区别。而一般同源被不同学者作种种分类，如格金鲍尔（K
．Gegenbaur
）把它分成（1
）左右对称器官间的同源（同型，例如脊椎动物的左前肢与右前肢）。（2
）沿体轴方向排列的部分间的同源（同价，例如脊椎动物的前肢和后肢）。（3
）同一器官的部分间的同源（同规，例如脊椎动物前肢指间的同源）。（4
）排列在体轴以外的方向的部分间的同源（同义，例如脊椎动物的上腕骨与前腕骨）。并且同源的概念由上述以器官为主的关系扩展到染色体组（相同染色体组）、染色体（同源染色体）和各种生物化学物质（生化的同源）等等。