具有双螺旋结构的DNA分子,对于二条多核苷酸链的缠绕的程度等有各种形状的拓扑学异构体。例如将不具裂缝的双链环状DNA的一个链切断,将其一端钻入未切断的链中,然后再使之与原来的一端(头)结合,则可给DNA分子的整体带来扭曲变形,由于将双链DNA进一步扭曲而形成超螺旋(参见闭环DNA),或一侧的链卷到另一侧链上的方式,使DNA骨架上积累的应变能成为最少。此时,根据向链中钻进的方向(将螺旋反卷的方向或其逆方向)和次数等,形成高级结构上的多样性。这种作为超螺旋DNA(supercoiled DNA)的拓扑学异构体,不限于环状DNA,在线形DNA上的固定二点间也会形成,与细胞内的DNA复制、转录和重组等过程有着重要的联系。环状双链DNA的拓扑学的异构体,从几何学上可以三个参数来表示。第一为L数(linking number),表示二条核苷酸链组成双螺旋过程中的缠绕次数。B型DNA(参见DNA)每10个碱基对L=1,总是整数。L数,只要DNA不产生裂缝,不论分子怎样变形它也不会改变。第二为T数(twist number),它表示不限于作为螺旋的缠绕,一个链围绕另一个链旋卷的次数,B型DNA其L=T。第三为W数(writting number)表示超螺旋数。例如,在双螺旋发生反卷之后形成闭环的DNA,可变成L数不足的拓扑学异构体,使DNA分子扭歪变形,此应变能由于整个分子形成右旋超螺旋而变为最少,此时产生的超螺旋的卷数就是W数。扭歪变形也由于分子内的一个链绕到另一个链而减少的。三个参数之间有L=W T的关系。