一般地说，基因占有哪个位置，其遗传效应不变。但少数也有因为基因所处的位置不同而改变其表型的，此称为位置效应（A．H．Sturtevant，1925）。位置效应有两类，一是稳定型（S）；一是变动型（V）（E．B．Lewis，1950）。所谓S型效应，是指2个突变基因排列为顺式（ab/ ）和反式（a / b）时表型不同。例如关于黄果蝇的星状眼（star）和星体眼（asteroit），顺式时（Sast/ ）黄果蝇复眼大小近于正常（稍小），与之相反，反式时（S / ast）眼睛便显著变小。关于V型位置效应，已知当正常基因位于异染色质附近时，有些细胞表现为正常性状，另有些细胞表现为突变性状。例如黄果蝇X染色体的w 基因经过倒位占有靠近核仁形成区异染色质的位置时，其复眼表现为嵌合性，既有正常的小眼，也有白眼小眼。如果该基因再倒位，回复到原有位置时，则复眼表现为稳定的正常表现型。因此可知，其基因本身并没有发生改变。
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