生态系的生物因素之间以及生物、非生物因素之间的物质循环。对于物质特别是营养物质来说，非生物环境、生物等都是它的贮留场所，随着生活活动的进行，以特定的循环时间，循环率从一个贮留场所转移到另一个贮留场所，物质本身的物理化学性质一面发生变化，一面移动。在稳定的正常的生态系中，循环的路线、时间、循环率等是大致一定的，但是物质在某个特定的贮留场所停留，或从循环系统中流失，或群落发生变动，那么在这个系统中通常见到的物质循环就被打乱。富养化、污染等就是例子。生物在碳、氮、磷等循环中的作用是众所周知的。其他的营养物质在生态系内也有各自独特的循环方式。此外，具有与营养物质近似的化学性质的一些元素、化合物也随着移动，有些物质在特定的贮留场所蓄积。有毒物质的生物浓缩就是例子。