指测计酵母、细菌等的细胞数。有总菌计数和活菌计数两种计数法。后者是测计试样中的活细菌数。二者都是先把试样稀释成适于测计的浓度，再用种种方法进行细胞数的测计。一般认为用细胞计数器测计更为精确。有的方法是把细胞用血球容量计进行离心沉淀，从其刻度的容积进行换算；还有一种方法是比浊法。在测计固氮细菌时，可用凯氏定氮法测定有机氮（或是蛋白态氮），然后换算成细菌数。进行活菌计数时，先把样品稀释，然后将一定量稀释样品混入依菌性质制成的溶融状态的琼脂培养基中进行平面培养，再根据菌落数进行统计。对已鉴别过的菌种或具有某种特定性质的细菌来说，活菌计数比较简单，但对土壤微生物区系量的分析就比较复杂了。