在细菌的鉴别和分类中，对其细胞结构或是生理、生化特性进行观察和测定并不太困难的，多利用下列方法：在各种培养基上的生长状况；对碳水化合物和蛋白质的利用和分解情况；在DNA中的鸟嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比；有时还根据血清学的试验结果等。细菌的属名和种名都是按命名规则而定的，但认为把全部细菌都按一个分类体系来定名不太合理的意见，愈来愈显得有说服力。（1）已往在应用上广为依据的伯杰氏分类手册第7版（1957年）中，在原生植物门中设置了包括裂殖菌纲、病毒和立克次氏体类的最小生物纲，并将裂殖菌纲分成10目：（i）假单胞菌目；（ii）鞘杆菌目；（iii）生丝微菌目；（iv）真杆菌目；（v）放线菌目；（vi）核衣细菌目；（vii）贝日阿托氏菌目；（viii）粘球菌目；（ix）螺旋体目；（x）枝原体目。（2）在该书第8版（1974年）中虽分作原核生物界的细菌门，但由于加强了该书的便览性质，因而在其以下等级不再细分，只把全体分作19个部门，在各部门中，只在可能的情况下才把属编成科和目。（3）所谓细菌类，和其它的真核菌都是构成不同于植物界的另一个菌界（Mycota），从这样的见解来看，作为原核菌类可放在亚界的位置上。然后，再像真核菌类的分类那样，把原核菌类大致区分作枝原体类、细菌类、粘细菌类、螺旋体类和放线菌类5个门。其详细区分可应用伯杰氏分类法。在其中间不包括病毒类。
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