（1）下子叶部为高等植物的胚性器官，从子叶着生处以下生出的最初茎的部分。下边经过茎根过渡区与幼根相连。两者从外部形态方面根据有无黑色色素沉着（柿的胚根为蓝黑色）、梭的存在（菜豆）、粗细不同（小豆的胚根急剧变细）等往往可以区别。而子叶上部的茎性器官则称为上胚轴。
（2）指胚胎上假想的轴。最初设想在胚轴的时期可随动物种类而有快有慢，并且是由卵的构造来决定的。在未受精卵已经有左右对称的头足类和昆虫类中卵轴与胚轴一致。在海鞘或蛙类，是在精子进入的同时引起卵物质的移动而决定着对称面，以显示出以后的胚轴。另外这些卵，第一卵裂面在许多个体中是包含胚的主轴。海胆类、鸟类要根据原肠胚期出现器官原基，才可以开始设想有胚轴。