优良的菌种，如保管不好，就会发生生活力减弱，杂菌污染等情况。因此，如何能长期保持菌种优良的特性，不致衰老和断种，是很重要的工作。
菌种保存的方法很多，其原理都是采用干燥、低温、冷冻或减少氧气供给等方法以中止其繁殖，降低其代谢强度，使之处于休眠假死状态。常用以下几种：
（一）斜面低温保藏法
菌种在适宜的斜面培养基上培养成熟后，移入4℃～ 6℃的低温下保藏，以后每隔2～3个月转一次。这种方法适用一般食用菌。如果没有条件，无冰箱，可把保藏用的斜面菌种换上无菌橡皮塞，并用蜡烛封后置于密闭的广口瓶中，悬入井底保藏。
应该注意，草菇对低温的忍耐度较差，它的菌丝体在 5℃以下即易死亡，因此草菇菌种的贮藏温度需提高至10℃—12℃，或在草菇菌苔上灌注3～4毫升的防冻剂--10％甘油，这样就可保存了。
（二）液体石蜡保藏
外面试管的培养基菌丝丰满后，在无菌箱内，按无菌操作方法将灭过菌的液体石蜡，用无菌吸管注入其内，注入量高出斜面1厘米为宜。然后在棉塞外包上塑料纸，直立放入冰箱和室内干燥处，一般可存1年左右。
液体石蜡保藏原理，可使菌种与外界空气隔绝，使菌种新陈代谢活动大为下降，可防菌种老化。
（三）冷冻干燥保藏法
这种方法采用真空、干燥、低温等手段，使菌种新陈代谢活动处于相对静止状态，在低温下快速冷冻，又在低温下真空干燥，而使菌细胞的结构与成分保持原来状态而保存菌种。
还有沙土保存法、液氮超低温保藏法、滤纸片保存法、菌丝球生理盐水保藏法、麦粒保藏法、干孢子真空保藏法等。这里不一一介绍。要根据自己的工作需要及具体条件而定。一边保存，一边还要分离，复壮，做好选育工作，延续菌种的忧良性能。