由自身器官、组织体细胞所形成根系的砧木。因系母株的营养体繁殖而成，其遗传性与亲本相同，可保证砧木苗和果苗的一致性；但自根砧缺乏主根，根系分布较浅，固地性不强，对旱、涝、寒、风等的抗性亦较差。因此，对气候、土壤条件要求比较严格，且繁殖系数较低，自根砧常用于因实生繁殖变异大，不能保持一致性的砧木树种，或种子稀少、种子发芽率低的树种。
自根砧的繁殖，需要建立自根砧母本园，从母本园剪取插条进行扦插繁殖，或选建母本材料繁殖圃，圃内就地将母株枝条压倒进行压条繁殖，培养出自根的砧苗，栽植于苗圃中的成苗培育区，供嫁接繁殖果苗利用。