1 了解微生物在自然界的分布
2 理解微生物在自然界物质循环中的作用
3 掌握微生物与生物环境间的相互关系
4 应用微生物生态学原理分析和设法解决与食品环境有关的微生物问题
生态学是研究生物系统与其环境条件间相互作用的规律性的科学。因此，微生物生态学就是研究微生物群体——微生物区系（microflora）或正常菌群（normal flora）对其周围的生物和非生物环境条件相互作用关系的科学。
在生物学研究对象中，一般可以分成十个水平，依次为：“生物圈（biosphere）、生态系统（ecosystem）、群落（community）、种群（population）、个体（individual）、器官（organ）、组织（tissue）、细胞（cell）、细胞器（organelle）和分子（molecule）。其中前四个客观层次都是生态学的研究范围。在此，我们仅介绍微生物生态学中的一些基础知识及其应用。
研究微生物的生态有着重要的理论意义和实践价值。例如，研究微生物的分布规律，有助于开发丰富的菌种资源，防止有害微生物的活动；研究微生物间及其与它种生物间的相互关系，有助于发展新的微生物农药、微生物肥料以及积极防治人和动、植物病虫害，也有利于发展食品混菌发酵、序列发酵和生态农业；研究微生物在自然界物质循环中的作用，有利于阐明地球进化和生物进化的原因，也可促进探矿、冶金、保护环境、提高土壤肥力以及开发生物能（沼气）等各项生产事业的发展。