微量元素肥料具有一种或几种微量元素标明量的肥料。这类肥料中含有一种或几种对作物生长发育所必需的、但需要量很少的营养元素，包括锰、硼、锌、钼、铁、铜等。市场上主要的品种有：硫酸锰、硼砂（硼酸）、硫酸锌、钼酸铵、硫酸亚铁、硫酸铜及各种微量元素混合的肥料。

微生物肥料由一种或数种有益微生物、培养基质和添加剂培制而成的生物性肥料，通常也叫菌剂或菌肥，包括固氮菌类、磷细菌、钾细菌、抗生菌类，还有具有加速有机肥堆腐速度、除臭等功能的微生物菌剂。其中固氮菌类包括共生固氮菌，如豆科作物的根瘤固氮菌，自生固氮菌和联合固氮菌。微生物肥料除含有生物活性的微生物以外，还含有调节植物生长的多种调节剂、氨基酸等。市场上主要的肥料品种有：硅酸盐菌剂、复合菌剂和复合微生物肥料。

调节剂类用于改善土壤的物理、化学和生物学性质和植物生长机制的物质。主要类型有土壤调理剂、植物生长调节剂类。市场上主要土壤调理剂的品种有：水稻床土调制剂、土壤保水剂。植物生长调节剂的品种有：油菜素内酯、植物生长刺激素以及衍生物等。

氨基酸肥料能够提供各种氨基酸类营养物质的物料统称为氨基酸类肥料。目前主要是利用动物毛皮和下脚料经水解后加工而成，也有利用微生物转化生产氨基酸肥料。市场上氨基酸肥料多为氨基酸和微量元素等复合（络合）而成的复合氨基酸肥料。

腐植酸肥料富含腐植酸和一定标明量无机养分的肥料。以泥炭（草碳）、褐煤、风化煤、秸秆和木屑等为主要原料，经过化学处理或再掺入无机肥料而制成的。有刺激植物生长、改善土壤性质和提供少量养分作用。主要肥料品种有：腐植酸铵、生化黄腐酸和腐植酸复合肥。

添加剂类（大量元素）指含有用于改善肥料性能物质的肥料，主要包括含有防止或减少肥料吸湿结块的添加剂和抑制氨态氮挥发、减少氮损失的添加剂及消化抑制剂。含有添加剂的肥料品种主要有：长效碳铵、长效尿素等。