苦瓜主要病害有枯萎病、霜霉病等，主要虫害有瓜实蝇、瓜蚜等。生产上，菜农应采用综合方法防治苦瓜病虫害。
一、枯萎病：应避免瓜类连作。在枯萎病重病田块或历史病区，建议在初花期淋施70％红日WP400倍，亩用药液200公斤，每株0.5公斤，每隔7天施一次药，连续3次，可有效预防枯萎病的发生。
二、霜霉病：选排水性良好的田块，施足基肥，增施磷钾肥，及时摘除老叶，确保通风透光。霜霉病发病迅速，要及早控制发病中心，选用内吸性治疗杀菌剂64％田亮WP500倍，每隔7天喷一次，连续喷2－3次。或者在该病发病前用50％用功悬浮剂500倍每隔7天喷施一次，连续喷2次，可有效预防该病害发生。
三、白粉病：当叶片上有白色粉状物出现时，应用50％锈粉宁悬浮剂500－600倍液或50％用功悬浮剂500倍液、70％红日可湿性粉剂1000倍进行喷雾，每隔7天喷药一次进行防治，连续喷施2－3次。
四、瓜蚜：2.5％万里旺1号(或2号)1000倍液、10％薪生可湿性粉剂4000倍、3％啶虫脒乳油2000倍液、30％农尔旺乳油800倍液、4.5％绿福乳油1000倍液、24％万灵水剂1000倍液进行喷雾。
五、瓜绢螟：4.5％绿福乳油1000倍液、30％茚虫威水分散粒剂(安美)5000－7500倍液，或24％万灵水剂800倍液。