作物病害主要包括真菌性病害、病毒性病害与细菌性病害。缺素症又称生理性病害，是作物缺乏某种营养元素所表现出的特异症状。一般来说，二者在外观上差异较大，但有时病害与缺素症在外观表现上会很相似，特别是在发病初期，这样对病害防治带来一定困难。在这种情况下，可从以下三个方面进行鉴别：

一看病症发生发展的过程。作物病害具有传染性。因此，病害的发生一般具有明显的发病中心，然后迅速向四周扩散，通常成片发生。而缺素症一般无发病中心，以散发为多。

二看病症与土壤的关系。作物病害与土壤类型、特性大多无特殊关系。无论何种土壤类型，如有病源，都可在氮肥施用量偏高而又不注意磷钾肥配合施用的田块发生。作物缺素症的出现与土壤类型、特性有明显关系，如北方土壤pH值偏高，不易缺钼；而南方酸性土壤则易缺乏此种元素。不同营养水平的土壤，都可发生某种或某些缺素症，但瘠薄土壤多发。

三看病症与天气的关系。作物病害一般在阴天、湿度大的天气多发或重发，植株群体郁蔽时更易发生。缺素症与地上部空气湿度关系不大。但土壤长期滞水或干旱可促发某些缺素症，如植株长期滞水可导致缺钾；土壤含水量不稳定，忽高忽低，容易引发缺钙。