小麦纹枯病主要危害基部叶鞘和茎秆，麦种发芽后芽鞘受病菌侵染变褐，最后腐烂枯死。麦苗3～4叶期，近地面叶鞘上先产生淡黄色小斑，后发展成典型的黄褐色梭形或眼点状病斑。病部逐渐扩大，颜色变深，并向内发展侵染茎秆，导致基部茎节腐烂，幼苗不抽生新叶，猝倒死亡。

小麦纹枯病通常有两个发生高峰期，分别为冬前和拔节期，冬前的发病程度直接影响到后期危害程度。应掌握在发病初期（10月下旬至11月中旬）和返青期（3月下旬至4月上旬）进行药剂防治，适用药有井冈·蜡芽菌、申嗪霉素等，配合喷施复硝酚钠、磷酸二氢钾等促进麦苗生长，效果更好。