光合细菌中的活菌形态微细，比重小，若直接消毒养殖水体，活菌不易降到池塘底部，无法起到良好的改善底质环境的效果。建议全池泼洒光合细菌消毒时，可以和颗粒型底改剂合用，这样既能将活菌迅速沉降到底部，吸附有害元素，又可以起到降低池塘亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等有害物质的作用。

使用光合细菌的适宜水温为15～40℃，最适宜水温为26～36℃，因而应在水温20℃以上时使用，阴雨天勿用。

光合细菌与有机肥或无机肥混合使用效果明显，并可以防止藻类老化造成的水质变坏。视水质具体情况采取相应的解决方法，水质肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免水体有害物质积累，改善水体环境和培育天然饲料，保持水体溶解氧；水质较瘦时首先施用生物有机肥肥水，再施用光合细菌改良水质，这样有利于保持菌种在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌菌种的生长，使用前先施用生石灰消毒，3～4天后待池水的pH值提高后再使用光合细菌。

避免与消毒剂混合使用。使用消毒剂后5天才能使用光合细菌，可有效抑制有害菌的生长。