芝麻枯萎病：又称半边黄或黄化。病菌多从苗的根尖、伤口侵入，蔓延到茎、叶、蒴果和种子，致使全株发病枯死。连作芝麻地和土壤肥力差、田间湿度大的地，都有利于病害发生流行。

芝麻青枯病：俗称芝麻瘟，是由细菌引起的病害。病菌从根部伤口侵入或从自然孔口侵入，并在植株导管内从下向上蔓延。该病病菌随病株残体在土壤中越冬，借流水或农事操作传播。发病高峰多在夏季7~8月份。暴风雨过后，温度骤然升高，有利于病害发生流行。

芝麻疫病：是一种毁灭性病害。主要危害芝麻茎基部、茎部、蒴果、叶片。该病病菌以菌丝或卵孢子在病株残体中越冬。翌年病菌侵染茎基部，产生孢子囊，借风、雨、流水传播，进行扩大再侵染。7月份芝麻现蕾期开始发病，8月份达到发病高峰。多雨潮湿受害重。

选用抗病品种及种子处理：选择优质高产、耐渍、抗病性强品种，如豫芝8号、易芝1号等。播种前用55℃温水浸种10分钟或60℃温水浸种5分钟，晾干后播种。或用五氯硝基苯加福美双拌种（1∶1），用药量占种子重量的0.5-1%；或用0.5%硫酸铜溶液浸种半小时，均有较好防效。

农业防治：芝麻土传病虫害严重，最忌连作。芝麻与棉花、甘薯及禾本科作物实行3~5年轮作，能较好控制病害发生流行。芝麻收割后及时清除田间病残体，集中烧毁或深埋以减少越冬菌源。及时拔除病株，带出田外销毁，防止病菌扩散蔓延。加强肥水管理，增施基肥，基肥以中迟效有机肥为主，并混施磷、钾肥，苗期不施或少施氮肥，培育壮苗，使病菌不易侵入。采用高畦栽培，及时清沟排水，防止田间有积水，降低田间湿度。

药剂防治：在病害发生前喷药保护，或发病初期用药。防治药剂有37%枯萎立克可湿性粉剂800倍液，40%多菌灵悬浮剂700倍液，50%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，80%硫酸铜可湿性粉剂800倍液等。