甘薯育苗期病害主要有黑斑病、软腐病和茎线虫病。它们主要以薯种土壤、烘肥和浇水进行传播。
一、黑斑病
甘薯黑斑病又称黑疤病，它是苗期烂床的主要病害之一。在薯块上最初产生黑褐色圆形凹陷小斑，以后病斑扩大为不规则大病斑，受害的薯块组织内呈青绿色，味苦有毒，人、畜都不能食用。病苗黄弱，苗基部形成圆形或梭形黑色病斑，严重者变黑枯死。
防治方法：1.选用无病而具有该品种特征的夏甘薯作种，剔除有冻害、湿害、病害和破伤的薯种。2.用50％多菌灵800～1000倍液浸种10分钟即可排种，或排种后再用50％多菌灵800倍液均匀地喷洒苗床防治。3.用51～54℃的温水，浸种10～15分钟，可杀死瓜种表面附着的病菌，但要注意受过冷害的薯种不能浸种，以免加重腐烂。4.在用火炕育苗的地区，排种后3～4天内床温要保持35～38℃（瓜种底部土壤温度），这样既可催芽，又能杀死黑斑病菌。
二、软腐病
甘薯软腐病菌侵染薯块后使薯块变软腐烂，在床土上面覆盖着一层灰白色的病菌，床土也稍凹陷。主要由薯种在贮藏期或育苗期受到冷害或碰伤破皮引起的。当温度在15～23℃时，病菌最容易侵染受伤的薯种，侵入后，虽在较低的温度下，薯种仍继续腐烂。
防治方法：薯种上炕时应严格挑选，不在受冷害的薯堆上选种。对有轻微冷害的薯种，出苗前床温不宜过高，应保持在28℃左右，以促使薯种恢复活力和控制病菌繁殖。如果遇到发病，要及时铲除病薯和病土，同时再排上无病的薯种，并换上净土，以减少病害的蔓延。
三、茎线虫病
甘薯茎线虫病俗称糠心病、空心病、糠裂皮，也是苗期烂床的病害之一。薯种在苗床上受害后出苗稀，矮小，苗发黄，受害部位多在近土面外苗基部白色部分。剖视茎基部，内有褐色空隙，后期呈褐色干腐状。
防治方法：除上面介绍的选种、温水浸种措施外，可用40％甲基异柳磷乳剂1000倍液浸种或喷种防治，以培育无病壮秧。起苗移栽时，于苗床地面3～5厘米高处高剪苗，并用40％甲基异柳磷1000倍液浸苗，降低薯苗带病率，以减轻病害的发生