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下面介绍自交系的提纯复壮方法。
一、隔离穗行法(又称穗系选种法)
此法适用于纯度较高的自交系。秋季从繁殖地里选收典型性强、结实饱满、无病虫害的优良果穗，来年春天选好隔离地块，每穗种一垄，出苗后严格去杂。抽雄前把混杂或可疑穗行的雄穗全部拔掉，典型穗行里的杂株也要严格去雄淘汰，秋收时从选留下来的最典型穗行里，再选长相一致、穗型相似的典型果穗，留作下一年穗系选种用的种穗。从其余选留的典型穗行里淘汰混杂的可疑果穗，然后混合脱粒，供下年大量繁殖或杂交配种用。
穗系选择过程最好针对幼苗色、抽雄期、花丝色、株高、整齐度、成熟期和病虫害情况逐行记载，作为秋收时选留或淘汰的依据。
二、一穗传提纯法
为了保持原自交系的优良种性，提高现有自交系的典型性，可采用一穗传的繁殖方法。鉴于目前不同育种单位的同一个自交系的典型性、配合力等都不尽相同，最好从原育成单位直接引入一个典型穗作为一穗传原种。
第一年：在一穗传隔离繁殖区里，把由育成单位引入的典型穗单粒点播，在出苗后开花前注意去杂去劣，再选株套袋自交5穗—10穗，秋后选出一个最好的种穗，留作第二年一穗传用种，从其余几百个果穗里，选出50个—100个典型穗，分穗保存，作下年穗行选种用种。
第二年：继续在一穗传繁殖区里，单粒点播和选株套袋自交5穗—10穗；在穗系选种繁殖区里，用第一年选留的50个—100个典型穗分行播种，按穗系选种法的要求进行穗行繁殖和选种。秋季从一穗传繁殖区里选留一个最好的套袋自交典型穗和50个—100个未套袋的典型穗，从穗系选种繁殖区里选收典型穗行里的典型种穗混合脱粒，或按穗行脱粒，分别送给不同单位作为自交系原种繁殖或配种。
第三年：按第二年做法，分别设置一穗传繁殖区，穗系选种繁殖区和自交系原种繁殖区。分级繁殖，连续选种，可使现有自交系较快地得到纯化。
