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病虫害易发生 以大豆为寄生的几种病害，如细菌性斑点病、黑斑病、立枯病、黄枯病等，在大豆重茬土壤中有适宜的发病条件，必然大量发生，尤其以线虫病危害严重。
根系微生物分泌物的毒害作用 大豆根系能分泌某种呈酸性反应的物质，并形成一些有毒物质，如亚铁盐等，遗留在土壤中，使重茬大豆的正常营养代谢过程受到影响，根系发育不良，根瘤菌活动能力减弱，植株生育受到抑制，导致减产。
营养的过度消耗 由于大豆重茬使土壤中磷素营养过度消耗，有效氮磷比例失调，影响大豆生育，因此，在大豆生产上要避免重茬，最好与其他作物实行三年以上的轮作制。
