种子处理是有效防止病虫入侵的第一道防线。为确保苗全、苗壮。处理方法如下：

玉米种子的挑选包括穗选和粒选。穗选即在场上晾晒果穗时，剔除混杂、成熟不好、病虫、霉烂果穗后晒干脱粒做种用。粒选粒选即播前筛去小、秕粒，清除霉、破、虫粒及杂物，使之大小均匀饱满，利于苗全、苗齐。

种子处理晒种选晴天晒2~3天，利于提高发芽率，提早出苗，减轻丝黑穗病。

浸种可促进种子发芽整齐、出苗快、苗整齐。方法有冷水浸种12~24小时；50℃温水浸泡6~12小时。浸种应注意饱满的硬粒型种子时间可长些，秕粒、马齿型种子时间宜短；浸过的种子勿晒、勿堆放、勿装塑料袋；晾干后方可药剂拌种；天旱、地干、墒情不足时，不浸种；浸过的种子要及时播种。

药剂拌种可用15%粉锈宁可湿性粉剂400~600克拌100公斤种子防玉米丝黑穗病，也可用种衣剂拌种、包衣防治地下害虫。