一、湿害　湿害以井窖发生较多，贮藏初期，外界气温高，薯块呼吸旺盛，薯堆内水汽上升，在薯堆表面冷时凝结成水珠，薯块受湿害而腐烂。

二、干害　干害是由于窖内湿度低，薯块细胞原生质失水，造成生理萎缩，引起酶的活动失常，容易糠心或溃烂。

三、冻害　冻害是指温度降到-1℃～-2℃时，薯块内部细胞间隙结冰，使组织破坏而发生。

四、冷害　冷害即是指薯块长期处于9℃以下，钾离子外渗，不能保持细胞正常浓度，薯块新陈代谢活动受到破坏。一般是由于收获晚，或收获后不及时运回贮藏放在地里过夜而受冷空气侵袭。另一原因是薯窖保温或保管不善而受冷害，根据试验一般造成冷害的温度和时间是窖温8℃～9℃为10天，窖温5℃～6℃为6天，2℃～3℃为3天，都可给薯块造成冷害。

五、病害　甘薯在贮藏期造成的病害主要有干腐病、软腐病、黑斑病和线虫病。旧窖未经彻底消毒处理，贮藏期间管理不善等等都会引起病害的发生和蔓延。在贮藏前可用硫黄熏窖或用甲醛与高锰酸钾混合液密闭熏蒸。

六、缺氧　井窖由于封窖过早或薯块贮存量过大，使窖内氧气减少，二氧化碳增多，当二氧化碳浓度达4%～5%时，甘薯呼吸作用受到抑制，使薯块缺氧而造成腐烂。

另外，贮藏过程中如发现有病斑、裂口、破皮的甘薯，应及时拣出处理。