在旱育秧条件下，由于地膜覆盖，膜内温度较高，湿度也适合稻瘟病的发生；旱育秧床土肥沃，一般为酸性土，会加重其危害；秧苗生长在无水层的土壤中，降低了对水溶性硅酸盐类的吸收能力，表皮细胞内硅酸积累少，抗性差，病菌易侵入；旱育秧苗生长嫩绿，也易遭稻瘟病侵害。基于以上原因，旱育秧一般容易发生苗叶瘟，在推广旱育秧时，一定要抓好种子处理。可采用0.5-1%的石灰水浸种杀菌。若用强氯精消毒种子，一般采用300倍液，把用清水浸12小时的种子洗净捞起，倒入溶液中浸12小时。发生苗叶瘟后可揭开地膜，每亩用20%三环唑可湿性粉剂50-75克均匀喷雾，能有效地控制危害。

二、黄（白）化病

发病初期秧苗叶片薄，叶色淡，嫩黄色，新根少，新出叶叶色更淡，重者呈现白色，出叶缓慢。其原因有二：一是旱育秧苗在揭膜后，遇上较长时间的低温，使叶绿体解体，容易出现黄（白）化现象。二是在旱育条件下，由于缺素，特别是缺铁，会使叶绿素形成不足，发生黄（白）化病。低温引起的黄（白）化病，当温度回升后，秧苗可缓慢恢复绿色。旱育绿1号和旱育绿3号对该病的防治效果很好。叶面喷施旱育绿1号600-800倍液，2-3天后秧苗转绿。喷施硫酸亚铁也有一定效果。

三、黄梢僵苗病

因苗床过度干旱或培肥不匀而引发此病。其症状是秧苗老叶叶尖先黄并向叶基扩展，且黄色鲜明略带有橘红色，新叶出生缓慢但颜色正常，秧苗僵而不发，一般不死苗，但易转而发生立枯病。防治该病，关键是注意培肥，发病后及时浇水，并加适量敌克松，以预防立枯病的发生。

四、立枯病

该病是由真菌引起的侵染性病害，可使幼芽和幼根变褐、扭曲、腐烂；二三叶期病苗根暗白，出现断续黄褐色坏死，茎基部变褐，软化腐烂，叶尖停止吐水，随后心叶萎垂卷缩，全株黄褐枯死，或全株迅速青枯。病秧基部多长有白色、粉红色或灰黑色霉状物；常成簇、成块发生，有明显的发病中心；一般分青枯、黄枯两种类型。在秧苗两叶期，要经常检查叶尖有无吐水现象，若发现叶尖上无露水时，是立枯病发生的先兆，应立即用敌克松防治。每亩用65%敌克松可湿性粉剂1000倍液叶面喷雾。配药时应先加少量水调成糊状，再加水稀释，使药剂充分溶解，并注意使用敌克松时不与碱性农药混用。